Jānis Ķirsis dzimis 1948. gada 15. martā Vidzemē, Cēsu pusē, bet bērnība, skolas un pirmās darba gaitas pavadītas Talsu rajonā - Dundagā. 1965. gadā Jānis Ķirsis sāka studijas Latvijas Lauksaimniecības akadēmijas Meža fakultātē kokapstrādes specialitātē un ieguva inženiera mehāniķa diplomu, tad iestājās Latvijas Mežsaimniecības problēmu institūta aspirantūrā. 1977. gadā Jānis iestājās Latvijas Valsts universitātē Ekonomikas fakultātē, aizstāvēja disertāciju Maskavas Mežtehnikas institūtā. Sekoja darbs dažādos amatos meža nozarē - Jānis Ķirsis bijis inženieris, nodaļas vadītājs, Darba organizācijas centra direktora vietnieks, lektors, docētājs Latvijas Starpnozaru kvalifikācijas paaugstināšanas institūtā, zinātnes un ražošanas apvienības "Silava" ģenerāldirektora vietnieks, ražošanas apvienības "Latvijas Mežs" ģenerāldirektors ekonomikas jautājumos.
1991. gadā Jānis Ķirsis dibināja vienu pirmajām SIA, un tika sākts papīrmalkas eksports uz Skandināviju. 1993. gadā tika dibināta akciju sabiedrība "Lindeks". Līdz 2004. gadam Jānis Ķirsis bija akciju sabiedrības "Lindeks" - Linda Grupa - valdes un padomes priekšsēdētājs. Līdzekļi tika piešķirti arī labdarībai - korim "Ave Sol", Dziesmu svētkiem, Latviešu kora dziesmu antoloģijas izdošanai, sporta un mākslas pasākumu atbalstīšanai.
1993. gadā Jānis Ķirsis saņēma inženierzinātņu doktora grādu. Viņš ir aptuveni 90 publikāciju, zinātnisko rakstu, metodisko materiālu, divu izgudrojumu autors, darbojies Mežizstrādājumu savienības valdē, Latvijas Attīstības aģentūras padomē, Latvijas Kokmateriālu eksportētāju asociācijā. Kopš 1999. gada ir Urugvajas Austrumu Republikas goda konsuls. Jāņa Ķirša vaļasprieki - kalnu slēpošana, burāšana, medības.
1998. gadā pēc smagas autoavārijas Jāņa dzīve turpinājās ratiņkrēslā, tomēr tas nav šķērslis, lai dzīvotu pilnvērtīgu dzīvi. Jānis Ķirsis ir vairāku uzņēmumu valdē un vienā no tiem vada lielu investīciju projektu vairāku miljonu eiro apjomā. Radītas vairāk nekā 20 jaunas darba vietas Kurzemes pagastā.
Jānim ir divas pieaugušas meitas - Ingrīda un Gundega, arī mazmeita Marta. Sieva Ruta ir bijusi Jānim blakus dzīves visgrūtākajos brīžos.
Jānis Ķirsis saka: "Manuprāt, dzīvei nav nepieciešams kāds lozungs. Vienkārši ir jāsaprot, ka mums katram ir atvēlēts savs laiks, un to nedrīkst veltīt tikai sev."